中共中央、国务院《关于实施科技规划纲要，增强自主创新能力的决定》提出，“继续推进社会公益类科研机构分类改革。稳定支持从事基础研究、前沿高技术研究和社会公益研究的科研机构，建立健全现代科研院所制度”。《决定》从国家创新体系建设和科技事业发展全局出发，对加强社会公益科研给予高度关注，为此类机构的深化改革和加快发展指明了方向。 　　社会公益类科研机构是对从事“社会公益事业、技术基础、农业科学研究类型”的科研机构的统称，目前这类机构主要分布在农业、卫生、资源、环境、公共安全等行业领域。社会公益科研以为全社会提供公共技术产品和公益服务为主，关系到公共利益和国计民生。几十年来，公益类科研机构在促进农业发展、抵御自然灾害、保障人民健康、保护生态环境等方面，取得了一批重要的科研成果，为我国经济和社会可持续发展做出了重要贡献。但由于改革相对滞后，社会公益科研机构力量分散重复、学科结构陈旧、机制僵化、人浮于事等问题比较突出；而且多年来投入增长缓慢，设施不足、设备老化、社会保障负担重、科技人员待遇低等问题也较严重。多种因素造成社会公益科研机构发展比较困难，科研创新能力不能有效满足国家和社会需求，成为当前国家创新体系建设中一个亟待加强的薄弱环节。 　　2001年以来，根据中央和国务院的部署，按照分类改革的原则，国务院部门属社会公益类科研机构改革工作全面启动。改革的基本思路是：对主要从事基础性、公益性研究的科研机构，在调整结构、转变机制和优化队伍的基础上，国家财政给予重点投入；支持具备条件的科研院所与大学联合或转为其他事业单位，加强资源重组和优势互补；积极支持具有面向市场能力的院所向企业化转制，对该类院所实行保留原有事业费、继续承担国家科研任务、给予税收优惠等扶持政策，鼓励其面向市场从事科技成果转化和推广服务。 　　通过“十五”期间的努力，国务院部门属社会公益类科研机构分类改革方案已经全面实施，各地方也结合自身情况进行了积极探索。一些先期启动改革部门公益类院所已经基本完成改革阶段性任务，通过了有关部门组织的联合评估验收。改革后国家提高了重点机构人均事业费资助标准，同时公益科研项目经费投入也不断加大。改革评估验收结果表明，改革后科研机构的学科结构得到优化，运行机制更具活力，人才队伍素质明显提升，科技创新能力和公益服务能力显著增强。公益类科研机构改革取得重要进展和初步成效，为进一步深化改革、建立健全现代科研院所制度打下基础，也为新形势下适应社会公益事业发展需要、大幅度提升公益科技创新能力创造了条件。 　　按照《决定》要求，下一步社会公益类科研机构要坚持分类改革的方向，在改革的基础上切实加大投入和建立相对稳定的投入机制。要继续推进社会公益科研机构的分类改革，加快阶段性评估验收工作，逐步形成若干个稳定服务于国家目标的重点公益研究基地和一支精干高水平的研究队伍。要不断完善改革配套政策，妥善解决改革中的人员分流和社会保障政策等问题，确保改革在稳定中顺利推进。要大幅度提高验收后人均事业费支持强度，对机构正常运行经费给予基本保障，对需要长期积累的学科建设、基础性工作和队伍建设等工作探索相对稳定的经费资助方式。要按照建立现代科研院所制度的要求，不断完善科研院所各项管理制度和规范，建立开放、流动、竞争、协作的运行机制。探索建立对科研机构整体创新绩效的评价制度，建立科学合理的综合评价体系，促进科研机构提高管理水平和创新能力，确立行业技术优势地位，发挥骨干和引领作用。