2006年2月，中国农业科学院农业信息研究所对2004年全国农业科研机构综合实力评估结果进行了通报，河南省农科院小麦研究所列综合实力排名第39位。本次评估的对象主要是中央、省、市三级农业科研机构和中国科学院部分以农业科研为主要方向的独立专用研究所，评估主要围绕一个机构“基础－投入－产出－发展”的运行主线，将人、财、物等基础条件，与科技创新、科技开发与服务等活动综合在一起，全面反映出该科研机构从事科技活动的综合能力。评估结果显示，排名前50位的农业科研机构中，有35个是中央级的研究所，小麦研究所位列省、市级研究所的第3位。 小麦研究所现有职工75名，其中高级科研人员22人(研究员9人)，博士6人。“十五”期间承担国家、部（省）级以上各类科研项目（课题）80多项，申请科研经费2000多万元；其中农业部、国家发改委建设项目6项；国家“863计划”项目2项，科技部成果转化基金项目4项，农业部结构调整项目3项 ，省杰出人才创新基金项目2项，省重大攻关项目3项。获得省（部）级以上科研成果奖10项。其中“优质强筋早熟多抗高产广适性小麦新品种郑麦9023”获得2004年国家科技进步一得奖。育成小麦新品种11个，其中5个通过国家审定，6个品种申请了国家植物新品种权保护,年推广种植面积3000多万亩，郑麦9023连续4年位居我国当前小麦品种种植面积第一位，为河南省及黄淮麦区的小麦生产和农业结构调整做出了突出贡献。