与发达国家及国际性标准组织如CAC、ISO的标准体系相比，我国缺乏一些重要果蔬加工原料的质量标准和分级标准，无法实现对产品的质量认证及优质优价；贮藏运输、包装标识标准不能满足果蔬贮藏流通的需要；产品品质检验标准不全面，例如没有胡萝卜素、抗坏血酸、柑桔制品精油含量的测定标准，果蔬汁检验方法标准太少，只有类胡萝卜素含量和游离氨基酸含量的测定方法，而欧盟针对果蔬汁的检验方法标准就有36个；卫生标准及相应的检验标准不够全面；缺乏系统的新鲜果蔬农药残留、重金属及其他有毒物质的限量标准；保障全过程食品安全的标准不完善，没有控制果蔬微生物污染的GAP，保证工厂设施、雇员及环境卫生的GMP不完善，加工企业HACCP管理体系不健全等。