水产院科室机构设置及其职能如下：

办公室

负责院日常工作的运行与管理；党建工作；劳动人事、工资、档案管理等工作：后勤服务管理，安全管理及重大突发事件应急处理工作。

科研科

负责制定与修订科研管理规章制度；科研项目、成果、平台与团队管理；组织学术活动及科研诚信建设。

财务科

负责制定和完善单位财务管理制度；收支业务和资金、资产的管理与核算；组织年度预算编报；财务档案管理；财务监督和审计等。

种质资源与遗传育种研究室

主要从事水产养殖动物的种质资源挖掘；重要性状遗传研究、良种选育、产业化配套技术研发与示范推广等工作。

渔业资源与生态环境研究室

主要从事渔业资源与生态环境调查与评估；水生生物多样性及环境修复技术研究；大水面生态渔业技术研究。

养殖与病害防治研究室

主要从事优良品种、先进技术引进与试验示范、生态健康养殖技术研究与推广；水生动物疫病、快速诊断、绿色渔药及生态防控技术等研究。

水产动物营养研究室

主要从事水产动物营养研究；功能性添加剂及配合饲料的研发与示范推广工作。

水产品质量安全研究室（综合实验室）

主要从事水产品质量及安全评价研究；负责实验室运行维护与管理；大型仪器共享工作；负责做好样品检测分析工作。

渔业科研试验中心

负责院基地（郑州花园口黄河滩区、武陟詹店试验场）的日常管理；协助做好院科研团队在基地科研试验工作；负责河南省水产种质资源库平台的运行与维护。

现代渔业研究与示范中心

主要从事设施渔业技术及装备的研究开发和示范推广；休闲渔业模式研究；水产全产业链发展模式集成与创新；科研成果转化和科技支撑服务；水产种质资源库建设和野外观测站运维等工作。

渔业信息中心（《河南水产》编辑部）

负责渔业信息收集、发布及宣传报道工作；《河南水产》杂志的采编、出版、发行、管理等工作；河南水产微信公众号的运营与管理。